Index A | C | D | E | F | G | J | L | M | N | O | P | R | S | T | W A analyze_all() (in module COGITO_dft.COGITOanalyze) analyze_band_error() (in module COGITO_dft.COGITOanalyze) analyze_orb_converg_info() (in module COGITO_dft.COGITOanalyze) analyze_spill_error() (in module COGITO_dft.COGITOanalyze) C center_real_orbs() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) change_sig_bonds() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BS_widget method) COGITO (class in COGITO_dft.COGITO) COGITO_BAND (class in COGITO_dft.COGITOpost) COGITO_BS_widget (class in COGITO_dft.COGITOpost) COGITO_dft.COGITO module COGITO_dft.COGITOanalyze module COGITO_dft.COGITOico module COGITO_dft.COGITOpost module COGITO_ICO (class in COGITO_dft.COGITOico) COGITO_TB_Model (class in COGITO_dft.COGITOpost) COGITO_UNIFORM (class in COGITO_dft.COGITOpost) combine_and_save_plots() (in module COGITO_dft.COGITO) compare_to_DFT() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) complex128funs() (in module COGITO_dft.COGITO) (in module COGITO_dft.COGITOico) (in module COGITO_dft.COGITOpost) converge_orbs_recip() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) D D_real_l3_from_R() (in module COGITO_dft.COGITO) E expand_irred_kgrid() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) extract_line_data() (in module COGITO_dft.COGITO) F fit_to_atomic_orb() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) flush() (COGITO_dft.COGITO.Tee method) (COGITO_dft.COGITOanalyze.Tee method) func_for_rad() (in module COGITO_dft.COGITO) (in module COGITO_dft.COGITOico) (in module COGITO_dft.COGITOpost) func_for_rad_exp() (in module COGITO_dft.COGITO) func_for_rad_fit() (in module COGITO_dft.COGITO) G generate_gpnts() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) generate_TBmodel() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_ae_overlap_info() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_ae_overlap_matrix() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_aecoefficients() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_all_integrated() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_bandstructure() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BAND method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BS_widget method) get_bond_density_figure() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_bond_info() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_bond_occup() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_bonds_charge_figure() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_bonds_figure() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_coefficients() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_COHP() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO static method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BAND method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_COHP_DOS_bybond() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_COOP() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO static method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BAND method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_coulomb() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BS_widget method) get_crystal_plus_COHP() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_fullHam() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) get_ham() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) get_hamiltonian() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_ICOHP() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_ICOOP() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_interp_ham() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_kdep_reciporbs() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_kdep_recipprojs() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_local_environment() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_mulliken_charge() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO static method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM static method) get_neighbors() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO static method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) get_occupation() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_offset() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_orbs_fromPOT() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_orth_coeffs() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_overlap_matrix() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_proj_on_aeorb() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_projectedBS() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BAND method) get_projectedDOS() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_Qab() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_significant_bonds() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BS_widget method) get_TBparameter() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) get_uniform() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) get_WFdata_fromPOT() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) GS_combine_states_orblap() (in module COGITO_dft.COGITO) GS_orth_twoLoworthSets() (in module COGITO_dft.COGITO) GS_orth_twoLoworthSets_orblap() (in module COGITO_dft.COGITO) J jsonify_bonddata() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) L lowdin_orth() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) lowdin_orth_vectors() (in module COGITO_dft.COGITO) lowdin_orth_vectors_orblap() (in module COGITO_dft.COGITO) M main() (in module COGITO_dft.COGITO) (in module COGITO_dft.COGITOanalyze) (in module COGITO_dft.COGITOpost) make_bond() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) make_BS_widget() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BS_widget method) make_COHP_dashapp() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BAND method) make_fit_wannier() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) make_orbitals() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) module COGITO_dft.COGITO COGITO_dft.COGITOanalyze COGITO_dft.COGITOico COGITO_dft.COGITOpost N normalize_params() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model method) normalize_wf() (in module COGITO_dft.COGITO) O optimize_band_set() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) orthogonalize_basis() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) P periodic_integral_3d() (in module COGITO_dft.COGITO) plot_bond_run() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BS_widget method) plot_BS() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) plot_crystal_field() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) plot_hopping() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) plot_matrix() (in module COGITO_dft.COGITO) plot_orbitals() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) plot_overlaps() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model static method) plot_projectedBS() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) plot_projectedDOS() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) plotBS() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BAND method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BS_widget method) plotlyBS() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BAND method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_BS_widget method) proj_all_kpoints() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) R read_bond_occup() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) read_ICOHP() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) read_ICOOP() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) read_input() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model method) read_orbitals() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model method) read_overlaps() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model method) read_recip_rad_orbs() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) read_TBparams() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model method) real_to_recip() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) recip_to_real() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) reciprocal_integral() (in module COGITO_dft.COGITO) restrict_params() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model method) run_cogito() (in module COGITO_dft.COGITO) run_cogito_model() (in module COGITO_dft.COGITOpost) S save_bond_occup() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) save_ICOHP() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) save_ICOnpy() (COGITO_dft.COGITOico.COGITO_ICO method) save_ICOOP() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_UNIFORM method) set_hoppings() (COGITO_dft.COGITOpost.COGITO_TB_Model method) smooth() (in module COGITO_dft.COGITO) spher_bessel_trans() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) symmetrize_orbs() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) T Tee (class in COGITO_dft.COGITO) (class in COGITO_dft.COGITOanalyze) test_initialorbs() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) W write() (COGITO_dft.COGITO.Tee method) (COGITO_dft.COGITOanalyze.Tee method) write_input_file() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) write_recip_rad_orbs() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method) write_TBfiles() (COGITO_dft.COGITO.COGITO method)